Мцхета после развала СССР оказалась в трудном положении. В 90-х в Грузии не хватало денег даже на самое необходимое, так что до культурных памятников руки не доходили. Как сообщается на сайте ЮНЕСКО, в конце 1990-х - начале 2000-х годов специалисты из Грузии и стран Западной Европы, при финансовой поддержке организации, отреставрировали памятники архитектуры, помогли сохранить уникальные природные ландшафты, реализовали проекты по развитию в Мцхете туризма.
Видимо, средств ЮНЕСКО было недостаточно, ибо в 2003 году ряд грузинских общественных деятелей и политиков решили создать фонд «Мцхетис Дарбази» («Мцхетское Собрание»), чтобы поддерживать исторические памятники в хорошем состоянии. Немало средств на это перечислил Бадри Патаркацишвили. Ходили разговоры, что бизнесмен метит в кресло мэра древнего города или губернатора Мцхета-Мтианети. Некоторые СМИ обвиняли Патаркацишвиили в том, что он собирается превратить святыню в центр игорного бизнеса. Но его помощь оказалась бескорыстной.
В 2007 году особую обеспокоенность грузинской общественности вызывал храм Джвари. Британский эксперт Гарриэт О Брайан заявил, что каменную кладку обители поразила эрозия, а из-за неправильных консервационных работ рухнула часть крыши монастырский построек, повредив мозаики и фрески. Это стало одной из причин, по которой Комитет по всемирному наследию ЮНЕСКО поместил храмы Мцхеты в список находящихся под угрозой объектов всемирного наследия.
«Комитет обратился к Грузии с просьбой подготовить единый план действий в отношении этого объекта в связи с серьезной деградацией его каменной кладки и фресок», - говорится в сообщении пресс-службы организации. Ее беспокойство также вызывают «использование земель, окружающих церкви, и утрата аутентичности по причине проведения внутренних работ в сооружениях».
Как сообщили Georgia Times в грузинской национальной комиссии по делам ЮНЕСКО, объекты всемирного наследия были перенесены в список находящихся в опасности, потому что не были выполнены рекомендации предыдущей сессии Комитета. В большей степени они касались все-таки не состояния исторических памятников, а законодательной базы по использованию Мцхеты. Правительство Грузии должно было разработать градостроительный план, в соответствии с которым контролировать процесс строительства на участках вокруг архитектурных памятников, чтобы это не причиняло вреда культурному наследию.
В национальной комиссии по делам ЮНЕСКО подчеркивают, что, увы, финансирование Мцхеты в результате переноса ее в отдельный список не увеличится. И все же, министр культуры Грузии Ника Руруа был рад принятому в Севилье решению. «Мы активно сотрудничаем с ЮНЕСКО, чтобы один из важнейших объектов культурного наследия был защищен от неоправданных шагов, нового строительства... Мы вместе с использованием ресурсов ЮНЕСКО лучше сможем это сделать», - заявил Ника Руруа агентству GHN. Судя по его словам, министерству культуры приходится защищать исторические сокровища страны от собственных излишне предприимчивых граждан.